根据《中共中央关于进一步深化社会主义经济体制改革的决定》的精神和具体要求，“十一五”期间我国商品流通体制改革应该围绕以下三个主要目标展开：
1、充分发挥市场机制优化配置流通要素的作用，通过加快流通创新，促进新型流通组织与经营方式的发展，形成与我国市场体制、规模和结构相适应的、具有更高流通效率的、生产与流通有机结合、内外贸一体化、符合市场经济和经济全球化发展要求的新型商品流通体制。
2、理顺“条条”、“块块”政府机构与市场之间的关系，打破和铲除各种形式的地区封锁、市场割裂、地方保护主义和市场垄断行为，形成统一、公平与充分竞争的市场流通秩序，保障各种经济要素和商品在全国范围内的自由流通。
3、提高流通业的活力、效率和竞争力，促进生产，引导、扩大消费，增加就业，增强流通业对国民经济增长的贡献度。
为实现上述目标，“十一五”期间的商品流通体制改革应从管理体制、促进体制、经营体制三个方面，有计划、有重点、有步骤地进行：
一、管理体制方面
1、积极整合流通管理资源，健全和完善流通管理职能，构建新型流通管理体制
目前我国流通管理的资源和手段比较分散，未来应争取相关政府机构体制进一步整合、理顺。但无论如何整合，由商务部牵头，跨部门管理的格局不可能根本改变。因此，新的体制设计，一方面要尽量避免管理部门的职能交叉，分工要明确、职责要清楚；另一方面，要通过制定新的法律、规章，使各管理部门业务既有分工又能充分协调配合，相互衔接、环环相扣。管理的共同目标应当是：满足消费者的需求，提高社会福利；保障适时适量地供应；提高流通业的经济性和效率性，满足消费者的经济需求及提高国民的生活质量。
2、进一步转变政府职能，真正将职能转变到宏观管理与服务上
我国政府主导型经济的特征与日本战后相当一段时期的体制很接近，日本流通管理体制中政府的职能定位很值得我们借鉴。所谓流通管理，宏观上应侧重于抓好流通发展战略、产业政策、行业规划、行业标准的制定和组织实施工作，加强政策和信息引导，例如可运用价格调控市场，运用税收调整所有者的经济利益关系，运用金融手段聚集民间资金，引导民间资金流向；微观上以经济手段管理流通，创造良好的市场环境，如通过直接投资和补贴政策发展市场、稳定市场等。在中央、地方政府的分工上，中央政府负责流通政策的制定和解释，对地方政府进行政策指导，地方政府负责具体流通业务的管理，特别重大和敏感行业的流通业务地方政府需报中央政府审批和解决。未来如能实现“条条”管理，则地方政府的主要职能是提供商务促进服务。
3、运用法律手段规范流通管理，建立有序、自由、公平竞争的市场环境
实现商品的有序流通，需要从流通主体的市场准入、交易行为、交易规范、交易标准等方面来加强流通法律法规的建设。当前需要尽快出台的法律法规主要有，一是有关流通组织建设的法律法规，如特许经营法、农产品批发市场法等；二是关于商品交易标准建设，特别是针对农产品、大宗生产资料等商品进入市场的质量、包装、标识标准等；三是要建立和完善有关政府宏观调控与干预的法规，如商业储备法、价格干预实施规则等。“十一五”期间应重点探索规范市场秩序、维护公平竞争关系、发展新型营销方式、加强商业网点布局规划等领域的立法和执法改革。此外，要加快推进垄断性行业改革，抓紧制定和出台有关反垄断、促进公平贸易、促进公平竞争的法律，并逐步与国际范围正在推广的竞争政策接轨。
4、将商务服务业作为重要产业纳入管理，促进商务服务业快速发展
要站在全球化、大流通的角度，按照合法与合理原则、效能与便民原则、监督与责任原则的思路，对现行商务服务业管理体制进行改革和创新，逐步改变目前商务服务业管理上政出多门、条块分割的状况。在逐步强化商务部的统一、协调作用的基础上，加大商务部对商务服务业的管理权限，变多头审批为一个窗口对外，提高管理效率。商务服务业行政管理应在利民便民、提高效率的前提下，对原有行业管理上的缺位现象，迅速补位，特别是对一些发展速度快、潜力大、前景可观的新兴服务业，如信息咨询、教育培训业、会展业等，要设置相应的专门的管理机构和人员。
二、促进体制方面
1、建立主要面向中小流通企业的国内贸易促进服务体系
中小流通企业是我国流通企业的主体和就业的主要渠道。要借鉴国外经验，建立自上而下、统一的中小企业流通促进与服务体系。这些服务或由政府部门牵头或由同业商协会举办，通过咨询、信息提供、企业诊断、经营指导、人才培训等为中小企业提供各方面的服务。建议中央级设立隶属于商务部的中小企业商务促进机构，将对不同所有制，不同行业的中小企业的流通服务统一归口管理。这一机构的主要职责是：研究中小企业法律、政策的制定和执行情况，制定中小企业商务发展计划，协调与政府部门间的关系，组织指导全国性的调查研究、信息交流、培训与技术创新服务等事项。同时，鼓励建立中小企业社会化服务体系，鼓励国内外企业、社团组织及个人对中小企业进行扶持，建立各种中小企业商务发展服务机构。
2、建立开拓市场、扩大消费、促进产销衔接和供需平衡的长效促进机制
开拓市场、扩大消费、促进产销衔接和供需平衡是实施国内贸易促进的重要内容。在改革、构建国内贸易促进体制中，要通过开展机制化的工商联手、农商联手、商商联手、银商联手开拓市场活动，建立起培育市场、开拓市场的新方式、新途径。通过新的促进机制，推广先进流通技术，加强流通信息化建设；搞好商业网点规划，合理布局，有效整合社会商业资源；加快发展农产品流通、加工和物流业，支持农业产业化龙头企业到城市开办农产品超市；加强农村市场体系培育建设，鼓励城市连锁和超市、便利店、专业店、专卖店等现代流通方式和新型业态经营企业到农村开设网点，创新农资流通方式和经营业态；支持流通企业做强做大，提高流通组织化、规模化、现代化、国际化程度和竞争力。与此同时，要借鉴商贸服务业发达国家的经验，在确保各相关产业能有一个公平、合理、有序的发展环境之外，适当加大财政资助力度，促进那些能提高人民的消费质量与水平或附加值高、联动性强、有良好发展空间的新兴服务产业的快速发展。
3、加快培育和健全社会信用体系
信用体系是当前我国市场经济建设中突出的薄弱环节，要促进国内贸易健康快速发展，加快培育和健全社会信用体系是体制中必不可少的内容。“十一五”期间，既要从提高政府的公信力入手，加快发展和健全信用组织、机制和制度，又要培育信用文化，形成“诚信为本”的法律和道德规范。要加强商业职业道德建设，开展多种形式的“诚信兴商”创建活动，树立“诚信兴商”的经营理念。要全面建立重点行业、重点企业的商业信用档案体系，推动商务领域同业商协会制订行业信用自律的行规行约，实行行业内的失信评议和惩戒制度。
4、通过同业商协会组织建立与企业双向交流机制，及时了解企业的促进需求
我国目前各工商领域及各服务业行业已普遍建有同业商协会组织，并且基本能够自上而下形成体系。如何通过这些行业组织建立起与企业的双向交流机制，及时了解企业的促进需求，是“十一五”国内贸易体制改革中需要加以研究的重要内容。未来各级政府商务促进部门应更多地依靠这些组织联系广大商业、流通业企业，企业也可通过相关行业组织与政府对话，反映情况和提出政策建议等。相应地，在流通领域同业商协会的改革上，要打破内外贸分割局面，以企业为主体，以产业为平台，使其按照市场化原则完善服务功能，切实履行服务、沟通、协调、自律等职能，发挥联系政府和企业的桥梁和纽带作用。
三、经营体制方面
1、深化国有流通企业改革
虽然中国流通领域多元化市场竞争格局已经形成，但在未来5－10年内，国有流通企业仍然要参与市场竞争，并在一些特殊商品流通领域发挥作用，国有资本也难以全部退出流通领域。 “十一五”期间提高国有流通企业竞争能力、提高流通领域国有资本的效率应当成为加快国有流通企业改革的主要目标，并且只有通过深化改革才有可能实现这一目标。因此，一是要以产权制度改革为重点，积极促进和引导流通领域国有资产的合理调整。支持优势企业跨地区、跨行业、跨所有制进行资产重组，鼓励国内外各种资本参与流通企业改革和流通产业结构调整，推进国有流通企业股份制改造。对于那些已经丧失竞争能力、资产质量比较低的国有流通企业，要通过出售、拍卖、租赁以及托管等方式加快国有资产的退出。二是要建立现代企业制度，完善国有流通企业法人治理结构，深化企业内部人事、劳动、分配制度改革，建立健全科学的决策程序和激励约束机制。三是要引导企业加强采购、销售、物流、资金和财务等方面的管理，积极运用现代信息技术，提高管理效率和水平。四是要妥善解决企业的历史包袱，处置不良资产，保护职工合法权益和银行信贷资产安全。
2、加快粮食、棉花、石油等重要商品流通经营与管理体制改革步伐，提高市场化程度
目前粮食、棉花、石油等重要商品流通经营的市场化程度还比较低，存在明显的国有流通企业相对垄断的现实，应积极推进加快改革。
首先，要进一步加强市场建设，使市场机制充分发挥作用。在粮食和棉花方面，应加快建设以现代批发市场为核心的粮食、棉花现货市场体系，促进粮棉市场价格的形成和合理流通；应针对我国石油总体供求状况和进口快速增长的情况，认真研究和确立我国的石油价格形成机制，开放石油期货交易，以形成反映我国市场石油供求状况的合理价格水平。
其次，建立规范、透明的流通主体资格管理制度，以保障重要商品流通领域实现公平竞争。根据重要商品的特性和政府调控的需要，确定从事特殊商品流通的市场主体资格，采取资格认证、许可证、特许经营等多层次、规范、透明的市场准入管理方式，实现公平竞争。
第三，建立规范化的储备制度和干预制度，确保重要商品市场稳定。应尽快形成政府储备与商业储备相结合的重要商品储备与调控体系，特别是要明确和规范市场主体建立商业储备的责任与规则，以加强政府对重要商品资源的调控力度，减轻政府的财政负担。此外，政府还要针对特殊情况建立必要的干预制度，如价格干预等。
3、多种途径推进新型流通组织发展，营造组织化程度不断提高的新型流通组织体系
加快新型流通组织的发展，营造组织化程度不断提高的新型商品流通组织体系是改善市场流通秩序、提高商品流通效率的重要组织保障。“十一五”期间，在营造新型流通组织体系方面要重点做好以下工作：
第一，继续大力推进连锁经营组织向更大范围、更深层次发展和延伸，在“十一五”期间基本确立连锁经营组织在流通业中的主体地位。不仅要通过引入多元化投资主体、直接融资、加快国有流通资本退出来等途径实现连锁规模的快速扩张，形成具有较强竞争实力大型连锁企业；而且要鼓励优势连锁企业、批发企业以及优势生产企业采取加盟、特许等方式发展连锁经营，以吸收和整合众多分散经营、传统小型的流通主体。
第二，鼓励多元化流通主体之间、不同区域流通企业之间、流通企业与上游生产企业之间、批发、零售与外贸等不同环节流通企业之间的重组、合并与联合，突破流通领域传统的依部门、环节、地区分离的板块结构，营造新型的流通组织模式与大型流通企业。
第三，培育多种形式的新型农产品流通组织。要注重培育和发展“公司＋农户”型、农民合作型以及专业产销协会型等多种形式、专业化的农产品流通组织，逐步实现有组织的、规模化的农产品流通模式。鼓励各种连锁企业向农村市场延伸，使农产品借助连锁经营组织的销售网络直接快速进入城市零售市场。
第四，促进现代流通经营方式与业态的发展，用现代化的交易方式改造传统的流通方式与组织形式。在结合超市、便利店等新型业态推进连锁经营组织发展的同时，要特别重视发展新型批发形式和组织，以加快对传统批发交易形式的改造。对于大宗生产资料的交易，要利用规范化和标准化拍卖市场、电子商务等现代交易形式来改造和完善现货市场，并积极、稳妥地开发期货交易新品种，推进期货市场发展；对于农产品批发市场，在进行规范化的公司改造和逐步引入拍卖制等现代交易方式的同时，可借鉴日韩模式形成以中心城市的中央批发市场为核心、以区域市场和产地市场为支撑的新型农产品集散、交易与物流配送体系。
4、积极支持组建大型流通企业集团
大型流通企业代表着先进生产力在中国流通流域的发展要求，将成为带动流通行业结构调整和产业升级、满足人民群众需求的骨干力量。培育具有国际竞争力的和有中国特色的大型流通企业是我国流通业改革和发展面临的紧迫任务。要切实采取措施，力争在5至8年的时间内，培育出一定数量的拥有品牌和自主知识产权、主业突出、核心竞争能力强、初步具有国际竞争能力的大型流通企业。有选择地进行内外贸企业改革重组试点，把内贸企业的国内市场经营设施、网络渠道、客户资源、经营管理人才等优势与外贸企业开展国际市场经营的相应优势有机结合，培育内外贸一体化、拥有品牌和自主知识产权、主业突出、核心竞争能力强、初步具有国际竞争力的流通领域大公司大企业集团。要加快国内大型流通企业与外资零售业的合资合作，支持有优势的企业到境外发展，多途径促进企业做强做大。
此外，针对我国加入WTO后实力雄厚的外资流通企业快速进入和拓展我国市场的现实，政府应当为多元化的市场竞争创造公平、规范的竞争环境与规则。除了尽快完善相关的流通法律法规、保障各种流通主体公平、有序地参与流通领域竞争之外，还要尽快清理现有的一些优惠政策，避免一些特殊流通企业如外资流通企业、国有流通企业享有不同于其他经济成分流通主体的政策优势或超国民待遇。